Долгое время Муйская котловина, с окаймляющими ее Северо-Муйским и Южно-Муйским хребтами, для землепроходцев и путешественников оставались таинственной горной страной. Первыми здесь обосновалось поселение якутов, пришедшие сюда со стороны Чары в 1863 г. Эту дату указал географ-путешественник Петр Кропоткин в своем знаменитом «Отчете об Олекминско-Витимской экспедиции», где впервые было дано полное описание Муйской долины. Возглавляемый им конный отряд из 12 человек прошел путь по примитивной карте, вырезанной тунгусом на куске бересты, напрямую от Олекминских приисков через гольцы к устью р. Муя. Геологическое описание, данное в «Отчете» ускорило поиски месторождений золота и стало определяющим в развития района.
Труд П.А. Кропоткина объемом почти в 700 страниц стал настольной книгой для самого крупного золотопромышленника Забайкалья Я.Д. Фризера. Его имя неразрывно связано с промышленным освоением долины в связи с открытием в 1898 г. Королонских приисков, где впервые был применен гидравлический способ добычи золота. К приискам в первые два года были проведены дороги, построена школа и единственные по всей Баргузинской тайге православная церковь и больница. Купец первой гильдии стал известен своей благотворительной и общественной деятельностью далеко за пределами Сибири. В своем очерке «Золотопромышленность в Баргузинском округе и ее нужды»(М.1901г.) он определил перспективу развития недавно образовавшегося п. Муя как резиденцию золотопромышленников. В связи с чем здесь предполагалось строительство церкви-школы, библиотеки, горного училища, метеостанции и «помещений для полезных развлечений как жителей поселка, так и приезжающих с приисков Баргузинской тайги». Но огромные средства, полученные от добычи золота, не пошли на развитие местности. Благодатная Муйская долина, после того, как с основных месторождений были сняты «золотые сливки» еще более полувека оставалась сырьевым придатком северных приисков Иркутской области.
Годы гражданской войны отмечены разгулом белогвардейщины в Забайкалье. Банда полковника Дуганова, сформированная из остатков армии генерала Каппеля, шла на соединение с семеновцами. Путь в Забайкалье через золотоносную Муйскую долину пролегал не случайно. Конный отряд на время обосновался в п.Муя, и покатилась по Муйской долине кровавая волна резни и грабежей. Убивали евреев и сочувствующих Советской власти. Уничтожить бандитов было поручено бурятскому отряду под командованием Буды Сангадина, который успешно справился с заданием, преследуя дугановцев до Романовки.
В период коллективизации, на базе имущества раскулаченных жителей, был создан колхоз «Таежник», позже переименованный в колхоз им. Буденного и прекративший свое существование в 1955 г. Колхозом руководили: Неугодников М., Коляда Л.Н., Тарабукин Г.И., Возмилов С.Н., Андрушкевич Э.К., Базаров Г.Д., Батуев А.Г.
Поселения Муйской долины: Баргалино, Муя, Таксимо, Самокут, Парам, Красный Яр, Каменный, Улан-Макит, Кедровка, Каралон, Многообещающая Коса, Толмачевский (Усть-Муя), Бамбуйка, Молодежный входили в состав Баунтовского аймака.
Центром Муйской долины долгое время были п. Муя и Усть-Муя. Муйский сельский совет в разные годы возглавляли: Возмилов С.Н., Гилев А.С., Брюхов П.Н., Чернышев М.Ф., Черкашин А.М., В.И. Серкин.
В годы войны поселения Муйской долины обеспечивали фронт продуктами питания : опытный участок Баргалино - овощами, Улан-Макитская артель – рыбой, на Параме сеяли зерновые, в Таксимо собирали дикоросы. Вниз по Витиму для нужд золотодобывающих предприятий Бодайбо сплавляли баркасы с сеном, лес. Его заготавливали вручную: поперечная пила, топор, да спина лесоруба. В своей книге «Сибирь: откуда она пошла и куда она идет» Л. Шинкарев вспоминает сибирячек, вставших на плоты к тяжеленным гребям, заменив мужчин, ушедших на фронт:« …в мокрых ватных штанах, подвязав веревками к драным башмакам галоши, они будут нестись по реке через шиверы и пороги, сплачивать металлическим тросом скользкие холодные бревна, плыть с ними к золотым приискам Бодайбо… Не знаю, изучали ли историки второй мировой войны подвиг витимских женщин-плоторабочих.…но труд их стоит того, чтобы звучать на главных страницах повести о героизме советского тыла…»
В 1946-47 гг в Муйскую долину был завезен так называемый спецконтингент. Ссыльных заставили заниматься добычей золота на Кедровке и Самокуте и лесозаготовкой на Муе, в связи с чем, на месте бывшей заимки Толмачевской, возник поселок Усть-Муя. Началась промышленная вырубка леса.
Заготовка леса стала определяющей в жизнедеятельности поселков Муя, Усть-Муя. Первый этап развитие лесной промышленности приходится на период с 1934 -1999 годов. За это время (от Муйского лесоучастка управления лесозаготовок треста «Лензолото» до леспромхоза бамовской поры) выросли поколения речников- сплавщиков лесозаготовителей, водителей. Речной флот на могучей сибирской реке Витим и его притоке Муе появился в1948 г., когда первый деревянный катер потащил плоты с лесом, заменив ручной труд сплавщиков, работающих на гребях. И только в 1970 г Муйский лесопункт бодайбинского леспромхоза стал леспромхозом «Забайкаллес»- перешел в собственность республики с основным направлением деятельности: переработка древесины. Разделку круглого леса производили в собственном цехе пиломатериалов. Предприятие забрали у золотого Бодайбо для нужд БАМа.
Строительством железно-дорожной магистрали открылась новая страница в летописи Муйской долины. Она началась в феврале 1980 г., когда комсомольско-молодежная бригада СМП- 670 треста «НАТС» Валерия Самонова высадилась в трех км от п. Таксимо. Здесь развернулся палаточный лагерь лесорубов. В августе того же года 111 бойцов Всесоюзного ударного комсомольского отряда «Комсомолец Бурятии» прибыли строить новый поселок Таксимо. Спустя год высадилась группа из 47 комсомольцев отряда им. 26 съезда КПСС, объединившись в один комсомольско-молодежный строительно-монтажный поезд № 670, возглавляемый А.А. Мезенцевым.
В возведении нового поселка Таксимо и одноименной станции Бурятского участка Байкало-Амурской железнодорожной магистрали участвовали: СМП-694 треста «НАТС», мехколонна №104 треста «Востоксибэлектросетьстрой», автоколонна №12 автобазы «НАТС», мостоотряд №97 треста «Мостострой-9», участки спецпоезда «Водрем-89», мехколонны №№ 131, 136, 145, 163 треста «Бамстроймеханизация».
Посланцы Латвии, представители вновь образованного СМУ «Лат БАМстрой», вместе со строителями СМП «БелБАМстрой» строили жилой поселок и здание вокзала. Строительные отряды этих бывших союзных республик оставили в память о себе названия микрорайонов Таксимо - спустя четверть века их все еще называют «Латбам» и «Белбам». С окончанием строительства Северомуйского железнодорожного тоннеля (26 апреля 1978г. по 5 декабря 2003 г.) завершилось строительство БАМа. До его открытия объездной путь, длиной около 60 км, поезда проходили 2,5 часа, теперь всего лишь за 15 минут. Протяженность тоннеля 15343 м., он является самым длинным в России.
Уникальный тоннель проложен силами подразделений ОАО «Бамтоннельстрой», строительство производственных объектов и жилых домов в п. Северомуйск осуществляло СМП-597 ОАО «НАТС».
Муйский район сегодня - перспективный промышленный центр , с имеющимся одним из самых высоких в республике минерально-сырьевым потенциалом. Основу промышленности составляют предприятия золотодобывающего комплекса. Объекты первой величины - Молодежное месторождение хризотил-асбеста и Мокская ГЭС – будущий главный источник энергоресурсов.